Jakub Wawrzyniak występuje na pozycji obrońcy. Obecnie reprezentuje barwy Lechii Gdańsk. W Ekstraklasie zadebiutował wiosną 2004 roku w Świcie Nowy Dwór Mazowiecki. Później reprezentował barwy Widzewa Łódź skąd w 2007 roku trafił do Legii Warszawa. Półtora roku później przeniósł się do Panathinaikosu Ateny, ale pobytu w Grecji nie wspomina mile. Zagrał tylko w dziewięciu meczach, a potem został zdyskwalifikowany za użycie dopingu. Po odbyciu kary wrócił do Polski, gdzie przez cztery lata znów grał w Legii. Na początku 2014 roku postanowił skorzystać z propozycji Amkaru Perm. Jego przygoda z tym klubem trwała rok, a potem Jakub Wawrzyniak związał się z Lechią Gdańsk. W reprezentacji Polski debiutował w 2006 roku w meczu ze Zjednoczymi Emiratai Arabskimi.