Jedenastu zwycięzców rywalizacji w parach trzeciej rundy zagra w drugiej rundzie wstępnej Pucharu UEFA.

W tym roku, w związku z reformą europejskich rozgrywek pucharowych, rywalizacja w Pucharze Intertoto toczy się po raz ostatni.

Wyniki rewanżowych meczów drugiej rundy piłkarskiego Pucharu Intertoto (w kolejności: wynik rewanżu i wynik pierwszego meczu; gwiazdka przy drużynie, która awansowała):

niedziela, 13 lipca
Etzella Ettelbrueck (Luksemburg) - *Saturn Ramienskoje 1:1 (0:0); 0:7
Szachtior Soligorsk - *Sturm Graz 0:0; 0:2
Sivasspor Sivas (Turcja) - OFK Grbalj (Czarnogóra) 1:0 (0:0); 2:2
*Tawrija Symferopol - FC Tiraspol 3:1 (2:0); 0:0
*Rosenborg Trondheim - Ekranas Poniewież 4:0 (1:0); 3:1
*Panionios Ateny - OFK Belgrad 3:1 (2:0); 0:1
*Odense BK - TPS Turku 2:0 (1:0); 2:1

sobota, 12 lipca
*Elfsborg Boras (Szwecja) - Hibernian Edynburg 2:0 (1:0); 2:0
Besa Kavaje (Albania) - *Grasshoppers Zurych 0:3 (0:0); 1:2
*Neftczi Baku - Germinal Beerschot 1:0 (0:0); 1:1
*Honved Budapeszt - FK Teplice 0:2 (0:0); 3:1
*FC Bnei Sachnin (Izrael) - FK Renova (Macedonia) 1:0 (1:0); 2:1
ND Gorica (Słowenia) - *FC Burgas 0:2 (0:0); 1:1
Bohemians Dublin - *FK Ryga 2:1 (1:0); 0:1

Pary 3. rundy: (mecze 19/20 i 26/27 lipca):
FC Bnei Sachnin - Deportivo La Coruńa
Panionios Ateny - SC Napoli
Sivasspor - SC Braga
Grasshoppers Zurych - FC Burgas
Saturn Ramienskoje - VfB Stuttgart
Neftczi Baku - FC Vaslui (Rumunia)
Stade Rennes - Tawrija Symferopol
Sturm Graz - Honved Budapeszt
NAC Breda - Rosenborg Trondheim
Odense BK - Aston Villa
Elfsborg Boras - FK Ryga