Oskarżeni będą odpowiadać za "przestępstwo przeciwko zdrowiu publicznemu", polegające na zorganizowaniu siatki zajmującej się dostarczaniem sportowcom środków dopingowych i przeprowadzaniem nielegalnych transfuzji krwi. Terminu procesu nie podano.

Oprócz Fuentesa, na ławie oskarżonych zasiądą: lekarze Jose Luis Merino i Alfredo Cordova, siostra Fuentesa - Yolanda oraz byli szefowie grup kolarskich: Manolo Saiz, Jose Ignacio Labarta i Vicente Belda. Saiz należał do najbardziej znanych dyrektorów sportowych w hiszpańskim peletonie, prowadząc przez wiele lat z sukcesami ekipę Once (później zmieniła nazwę na Liberty Seguros). Wszystkim oskarżonym grozi kara do dwóch lat więzienia.

Centralną postacią afery Puerto, która wybuchła w maju 2006 roku, był doktor Eufemiano Fuentes. W jego gabinecie w Madrycie policja zarekwirowała aparaturę do nasycania krwi tlenem, wiele pojemników z krwią i notatki z zaszyfrowanymi nazwiskami klientów.

Afera najmocniej uderzyła w środowisko kolarskie, ale mieli być w nią zamieszani także tenisiści i piłkarze. Przyspieszyła zakończenie kariery przez znanego niemieckiego kolarza Jana Ullricha i kosztowała dyskwalifikacje innych czołowych zawodników światowego peletonu, m.in. Ivana Basso, Joerga Jaksche, Michele Scarponiego i Alejandro Valverde. W jej kontekście padało również nazwisko trzykrotnego zwycięzcy Tour de France Alberto Contadora, ostatecznie oczyszczonego z zarzutów.

Śledztwo w sprawie Puerto było dwukrotnie zamykane. Wznowiono je w 2009 roku.